Il est le descendant d'une grande dynastie de "Griots", représentations errantes qui détiennent et transmettent le savoir, la tradition, l'histoire et la culture locale.
Il débute sa carrière en jouant le Tamani (tambour parlant), accompagnant son grand-père lors de ses voyages de Griot. Ensuite, il entre dans l'Assemblée Instrumentale de Mali comme joueur de Ngoni et Tamani. Avec cette Assemblée, il part en tournée en Europe et aux États-Unis. Au tour européen participent aussi Kanja Kuiate et Ami Koita. Avec cette dernière, il enregistre quatre disques.

En 1991, il fonde le groupe Taman Kan avec lequel il réalise une tournée africaine. En 1993, il crée avec Habib Koité le groupe Bamada et gagne alors le concours "Découverte 1993" promu par Radio France Internationale. Avec de groupe, il enregistre deux disques et part en tournée à travers le monde.

Dès 1995, il est régulièrement invité à donner des cours de Djembe, Balafon, Tamani, Ngoni et autres instruments traditionnels du Mali. Il enregistre aussi son premier CD avec les Taman Kan, alternant ainsi sa carrière de soliste à l'activité de percussionniste.
Sa polyvalence face à une vaste gamme d'instruments et l'extrême sensibilité envers d'autres formes d'expressions musicales, pas toujours liées au monde africain, le mènent à collaborer avec de vraies célébrités comme Buena vista social club, Sting, Santana, The Wailers, Youssou N'Dour, Salif Keita et d'autres encore.

Depuis 1999, il se trouve en Italie où il enregistre son deuxième CD "Djana". En Italie toujours, il participe à différentes émissions de "Radio RaiI"' et, en tant qu'enseignant, il préside des séminaires à l'université de Calabre et à l'Institut V. Bellini de Catagne.
Au mois d'août de la même année, son nom est à l'affiche du prestigieux Festival de Taormina qui pour la première fois, avec Baba Sissoko, propose un concert de musique ethnique.
Son style musical est particulier aux mélodies et rythmes propres à sa tradition comme le Bambara, Peul, Mandinka et Sonhraï, il intègre les sonorités occidentales telles que le jazz, le rock et le blues.

Il est important aussi de ne pas négliger l'influence que l'Amandrai exerce dans ses compositions. L'Amandrai est une structure musicale répétitive et hypnotique propre au Mali. Selon certains historiens et chercheurs, transportée au-delà de l'océan par les tragiques déportations d'esclaves, celle-ci a donné naissance au blues avec lequel en effet, elle a plus d'une assonance en commun, offrant un merveilleux produit musical au goût à la fois exotique et occidental.

Actuellement, Baba Sissoko s'occupe de la promotion de son dernier disque "Djekafo", de celle du dernier disque de Dee Dee Bridgewater "Red Heart a Malian Journey", de celle du CD "Mali Mali" avec la fanfare de Moncourt, ainsi que de celle de Chris Joris et Bob Stuwart -Guest Baba Sissoko. Outre qu'il enregistre le dernier CD d'Omar Sosa, il a commencé la promotion du Baba Sissoko Ensemble, "Bamako Jazz".
En décembre 2007, le gouvernement malien attribue à Baba Sissoko le prix de Tamani d'or (récompense pour la musique).

DISCOGRAPHIE
Baba Sissoko & Taman Kan, ?Taman Kan?,1995
Baba Sissoko, ?Djana?, 1999
Baba Sissoko & Taman Kan, ?Live in Studio?, 2000
Baba Sissoko, ?Djeliya?, 2004
Baba Sissoko, avec Famondou Don Moye & Maurizio Capone, ?Folk Bass Spirit Suite?, 2004
Baba Sissoko Trio, ?Bolokan?, 2005
Baba Sissoko, ?Djekafo?, 2006
Baba Sissoko avec Eloi Boudimont (Fanfare et Couer), ?Mali Mali?, 2007
Baba Sissoko Jazz Ensemble, ?Bamako Jazz?, 2007
Baba Sissoko Aka Moon & Black Machine, "Culture Griot", 2009
Baba Sissoko & Il Pozzo di San Patrizio, "The Eyes Over the World", 2010