Le "Festival cinématographique de Wallonie" fut créé en 1986 par Jean-Louis Close, André Ceuterick, René Fauvel ainsi que Luc et Raoul Hemelaer, suite au défi culturel lancé lors du Sommet de Paris par les chefs d'États et de Gouvernements ayant en commun l'usage du français. L'objectif était de présenter une sélection de films issus de la Francophonie, le Festival de Wallonie reprenant alors le flambeau qu'a dû abandonner le "Festival International du Film et d'Échanges francophones" (FIFEF), voulant démontrer d'une part, que le cinéma anglo-américain n'était pas le seul véhicule du 7e art, et d'autre part, qu'il n'est pas de cinéma "en français" qu'en France.

Pour sa 2e édition, en 1987, le Festival bénéficie d'une remarquable couverture médiatique, laquelle assoit sa programmation avec une soixantaine de films en provenance d'une dizaine de territoires francophones. Tous ces films sont inédits en Belgique.

Dès 1988, l'Organisation internationale de la Francophonie (OIF) soutient officiellement le Festival ; le Festival Panafricain de Ouagadougou (FESPACO) va quant à lui amorcer un rapprochement avec le FIFF, qui se concrétise par le jumelage des deux manifestations.

En 1989, l'association change de dénomination pour devenir le "Festival International du Film Francophone". Reconnu par la Fédération Internationale des Associations de Producteurs de Films (FIAPF) comme un festival compétitif spécialisé, il acquiert désormais le droit d'attribuer les célèbres Bayard d'Or (meilleur film, meilleur comédien, meilleure comédienne et Prix spécial du Jury).

En 1990, la Société des Auteurs et Compositeurs Dramatiques (SACD), qui a mesuré, dès les origines du Festival, l'importance que la manifestation namuroise pouvait prendre dans l'évolution du film francophone, propose au FIFF de récompenser le meilleur scénario original en attribuant un Bayard d'Or à la meilleure contribution artistique.

En 1998, Dany Martin prend la succession d'André Ceuterick. À l'occasion de sa 13e édition, le Festival instaure deux nouveautés : le premier Marché du Film et le ciné-pass. Le premier, conçu comme une étape supplémentaire dans la promotion du cinéma francophone est un espace spécialement aménagé a permis d'accueillir des acheteurs internationaux dans le but de favoriser la vente des films proposés. Pour sa deuxième édition en 1999, ce Marché a d'ailleurs présenté plus de 200 titres aux différents acheteurs et programmateurs spécialement invités à Namur. Pour l'année 2000, plus de 400 titres leur ont été soumis. La seconde innovation est une formule permettant aux spectateur·trice·s d'accéder à l'ensemble des séances pour un montant forfaitaire modique a connu un succès fulgurant. Le mérite est double : à sa convivialité unanimement reconnue, le FIFF a ajouté une véritable assise publique.

Lors de l'édition 2002, le Festival inaugure ses Coups de Cœur avec un premier invité de luxe en la personne de Jean Rochefort ! Par ailleurs le Festival développe les activités destinées aux professionnel·le·s du secteur. Deux tables rondes sont organisées, l'une sur la circulation des œuvres francophones, l'autre sur la problématique de la co-écriture. C'est le début d'une longue série de rencontres, qui à l'heure actuelle font du FIFF un rendez-vous incontournable des professionnel·le·s belges et francophones. Le Festival a connu une croissance extraordinaire : de 30 films en 1986, il est passé à une moyenne de 150 dès 2003.

2004 marque les premières éditions des Ateliers "De l'écrit à l'écran", et du "Forum francophone de la production"; autant de lieux de travail et d'expertise destinés aux auteur·rice·s et producteur·trice·s francophones. Une étude, réalisée cette année-là, recense un public de 30.000 spectateur·trice·s !

En 2005, le FIFF fête ses 20 ans et en profite pour faire approuver la "Déclaration de Namur", qui a pour objectif de soutenir la "Convention pour la protection et la promotion de la diversité des expressions culturelles" qui a été adoptée le jeudi 20 octobre 2005 à l'UNESCO. 500 personnes, telles que Costa-Gavras ou encore Carole Laure signent ce texte à Namur.

En 2006 le FIFF ouvre sa programmation à la partie flamande du pays en inaugurant un focus sur le cinéma belge flamand.

En 2007, le Festival décide mettre les films documentaires sur le même pied que les fictions en les intègrant aux compétitions officielles !

En 2008, le FIFF ouvre sa programmation aux courts métrages, terreau fertile d'où émergent régulièrement les nouvelles générations de cinéastes qui font bien souvent leurs premières armes sur ces petits films. Ils font l'objet d'une compétition propre depuis 2009.

En 2009, Dominique Jamar quitte ses fonctions : la direction du Festival revient alors à Nicole Gillet, ancienne directrice de programmation.