Après une formation littéraire et musicale, Jean-Yves Ruf intègre l'Ecole Nationale Supérieure du Théâtre National de Strasbourg (1993-1996) puis l'Unité nomade de formation à la mise en scène (2000) qui lui permit notamment de travailler avec Krystian Lupa et Claude Régy. Il est à la fois comédien, metteur en scène et intervenant dans différentes universités et écoles de théâtre en France et en Europe.

Parmi ses récentes mises en scène : Mesure pour Mesure de Shakespeare (MC93 en 2008), Silures (Manufacture de Nancy en 2006), UnplusUn (Théâtre Nanterre-Amandiers et Théâtre Vidy-Lausanne en 2004), Comme il vous plaira de William Shakespeare (MC93, 2002), Erwan et les Oiseaux (création jeune public, 2001). Il a joué dans La Cerisaie d'Anton Tchekhov mis en scène par Jean-Claude Berruti, dans Platonov d'Anton Tchekhov et Catégorie 3.1 de Lars Noren, deux mises en scène de Jean-Louis Martinelli.

Depuis 2005, il a retrouvé son premier amour : la musique. Il travaille régulièrement avec l'Atelier Lyrique de l'Opéra de Paris pour lequel il mit en scène en 2006 Amour à Mort (madrigaux de Monteverdi dont Le Combat de Tancrède et Clorinde) et Cosi fan Tutte en novembre 2007 à l'Opéra de Rennes puis à la MC93 de Bobigny.

Depuis janvier 2007, il dirige la Haute école de théâtre de Suisse romande (HETSR), à Lausanne.